Un total de tres pruebas compondrán el Trofeo Federación, la competición para selecciones juniors, que en 2016 cumplirá su decimoquinta edición. La gran novedad es la inclusión de la última prueba, la Krono Bizkaia, que se disputará el 8 de mayo bajo la fórmula de contrarreloj por equipos.
Las dos primeras pruebas serán las mismas que estos últimos años, es decir el V Trofeo Federación-Copa Valladolid-Memorial Ángel Lozano, organizado por el Club Deportivo Pucela, que se celebrará el 3 de abril, y la XXII Guipúzcoa Klasika, el 24 de abril, bajo la tutela de la Federación Gipuzkoana.
En las catorce ediciones disputadas hasta la fecha destacan las cuatro victorias de Euskadi y las dos de Cantabria –vigente campeona-, Castilla-La Mancha y Andalucía.